La méthode de Proto-Collegium est une méthode de transposition. Cela signifie en un premier sens qu'elle applique à l'élaboration d'une architecture de savoir les grandes lignes d'une méthode de constitution de corpus — mais on a vu comment la constitution d'un corpus, du moins dans le cas du travail de Damisch sur la perspective, pouvait être considérée comme le développement d'une collection, et le développement d'une collection comme l'élaboration d'une architecture de savoir. En un deuxième sens, et de façon plus stricte, la méthode fait correspondre deux architectures de savoir dans un processus fonctionnel (au sens logique du terme) où l'une d'entre elles est choisie comme argument (l'architecture dite 'de départ') et l'autre, produite comme valeur (l'architecture dite 'd'arrivée'). La fonction elle-même, que l'on pourrait appeler 'fonction de transposition', consiste dans un dispositif de correspondance entre deux groupes matriciels, dont l'un est rapporté à l'architecture Studiolo et l'autre, à l'architecture Collegium. Ces deux groupes sont des abstractions relativement à leurs architectures de référence: ils les régularisent, les neutralisent et les uniformisent l'une par rapport à l'autre, puisqu'ils comportent chacun le même nombre de matrices et que ces matrices ont exactement le même nombre de dimensions — quatre .Les quatre matrices Studiolo sont les matrices données et les quatre matrices Collegium, les matrices transposées .